Κάθε χρόνο, κατά την τελετή αποφοίτησης των σπουδαστών του Εκπαιδευτηρίου απονέμονται τα βραβεία Αριστείας και Ήθους, που έχουν θεσμοθετηθεί εις μνήμη του πρώτου Προέδρου του Ι.Α.Ο.Α., μακαριστού Αρχιεπισκόπου Σεραφείμ, τα οποία συνοδεύονται από χρηματικό ποσό.
Το βραβείο Αριστείας, αφορά την «άριστη» επίδοση στα μαθήματα και δίνεται στον πρωτεύσαντα απόφοιτο σπουδαστή όλων των τμημάτων. Το βραβείο Ήθους χορηγείται στον απόφοιτο που επέδειξε άριστη διαγωγή κατά τη διάρκεια των σπουδών του.
Ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Σεραφείμ, από το 1958 ως Μητροπολίτης Ιωαννίνων και μέχρι το θάνατό του το 1998, ηγείτο της εθνικής προσπάθειας για δικαιώματα των Ομογενών εξ Αλβανίας, ενώ παράλληλα εργαζόταν και κατά του μαρασμού των ιστορικών περιοχών της ηπειρωτικής γης.
Απόφοιτος του ΚΕΕ παραλαμβάνει το Βραβείο Σεραφείμ, Ιούνιος 2007.